医療法人化すると税金はどう変わる？個人開業医との違いを徹底解説
医師としてクリニックを運営していると、「そろそろ医療法人化した方がいいのでは？」と検討するタイミングが訪れます。特に、所得が増えてくると税金の負担も重くなり、節税を目的として法人化を考えるケースも多いでしょう。しかし、医療法人にすると本当に税金面で有利になるのでしょうか？本記事では、医療法人化によって税金がどう変わるのか、個人開業医との違いを踏まえて詳しく解説します。
目次
医療法人化で税金はどう変わるのか？【結論】
結論から言うと、医療法人化することで所得税の累進課税を回避でき、法人税率の適用により税負担を軽減できる可能性があります。また、役員報酬や退職金制度を活用することで、さらなる節税も可能です。ただし、法人化に伴い法人住民税や法人事業税など新たな税目も発生し、節税効果が出るかどうかは利益額や経費の使い方によって異なります。
個人開業医と医療法人の税制上の違い
個人開業医は「所得税」が課税され、利益に応じて5％〜最大45％の累進課税が適用されます。利益が大きいほど税率も高くなります。一方、医療法人にすると、法人所得に対して「法人税」がかかり、税率は中小法人であれば概ね23.2％程度（所得800万円以下の部分には15％(19%)の軽減税率が適用）です。
また、法人化により役員報酬や従業員給与、退職金を経費として計上できるため、利益を適切に分散させることでトータルの税負担を抑えることが可能になります。
ただし、法人化によって新たに以下の税金が発生します：
- 法人住民税（均等割と所得割）
- 法人事業税（所得に応じた税）
- 消費税（課税売上が1,000万円を超えると対象）
医療法人は「営利法人」ではなく、「非営利法人」に分類されますが、税務上は一般法人とほぼ同じ取り扱いとなります。
よくある誤解：医療法人はすべての税金が軽くなる？
「法人化すれば必ず節税になる」というのは誤解です。法人化にもコストがかかり、税務・会計処理も複雑化します。たとえば、赤字でも法人住民税の「均等割」は毎年課税されます。また、役員報酬を過剰に設定したり、退職金を不適切に支給すると、税務調査で否認されるリスクもあります。
節税目的だけで法人化を進めると、かえってコスト増や事務負担が増すこともありますので、慎重な判断が必要です。
実務上の注意点：設立後の税務・会計管理が重要
医療法人化した後は、法人としての会計処理、税務申告、労務管理などが発生します。個人時代に比べて手続きが煩雑になり、経理体制を整備する必要があります。また、医療法人は剰余金の分配（いわゆる「利益の分け前」）が禁止されているため、利益は法人内に留保されます。この点も、一般的な株式会社とは大きく異なります。
さらに、医療法人には「事業報告書」の提出義務や、「理事会・社員総会の開催」など、法令上の運営義務も発生します。形式的に法人化しても、それを継続的に運営できる体制を整える必要があります。
専門家による支援：医療法人設立は行政書士・税理士に相談を
医療法人の設立や運営は、法律や税務の知識が欠かせません。特に法人化のタイミング、出資金の取り扱い、役員報酬の設定、税務署や都道府県への届出など、多岐にわたる手続きが発生します。
行政書士は設立手続きや定款の作成を、税理士は税務戦略の立案や会計処理をサポートします。医療法人の制度に精通した専門家に相談することで、リスクを最小限に抑えた法人化が可能になります。
まとめ：税制上のメリットはあるが慎重な判断が必要
医療法人化は、一定以上の利益がある場合には税制面で有利になる可能性があります。特に所得税の累進課税を避けられる点は大きな魅力です。ただし、法人特有の税金や運営コストも発生するため、必ずしもすべての医師にとって得策とは限りません。
法人化を検討する際は、収益状況、家族構成、今後の事業計画などを総合的に考慮し、税理士や行政書士など専門家の意見を取り入れることが成功への鍵です。