医療法人を設立する医師や経営者からよく寄せられる質問のひとつが、「医療法人になると医師としての報酬はどう決まるのか？」という点です。個人開業医とは異なる法人形態になることで、報酬の取り扱いも変わってきます。
この疑問は、税務対策や将来の事業承継、スタッフへの給与バランスなど、実務上大きな影響を及ぼすポイントです。特に、法人化を検討中の医師やすでに法人化したばかりの方にとって、報酬設定のルールや注意点を理解しておくことは重要です。
以下では、医療法人における医師の報酬の決まり方やその根拠、よくある誤解、実務上の注意点、専門家によるサポート内容まで詳しく解説します。
目次
医療法人における医師の報酬の決まり方：結論から言うと「役員報酬として定款や理事会で決定」
医療法人を設立すると、法人の理事（通常は代表である院長）として役員報酬が支払われる形になります。つまり、医師である前に「法人の役員」としての立場が報酬決定の基本になります。
役員報酬は、法人の定款や理事会決議など、法人内部の意思決定機関によって正式に決められ、毎月一定額を支給するのが原則です。
また、役員報酬は「法人の経費」として計上されるため、法人税との関係も非常に重要になります。法人化によって、個人事業主時代とは異なる税務上の配慮が必要となります。
報酬の決定根拠と具体例
医療法人の理事の報酬（いわゆる医師の報酬）は、法人内部の「理事会」で正式に決定されます。定款に報酬決定に関する規定があればそれに従い、なければ理事会の議事録に報酬額を明記することが求められます。
たとえば、ある医療法人では、理事長である院長には月額120万円、常勤の理事には月額80万円といった具合に報酬を設定し、年間で変更しない運用としています。これは「定期同額給与」という法人税法上のルールに従うためで、年度中に勝手に変更すると損金として認められない可能性があります。
よくある誤解：「収益が上がったから報酬も増やせる」はNG
多くの医師が誤解しやすいのが、「利益が出た月は報酬を増やすことができるのでは？」という考えです。しかし、医療法人では原則として「定期同額給与」が求められており、毎月同額の役員報酬でなければ法人税の損金算入が認められません。
利益が出たからといって、急に理事長の報酬を引き上げたり、賞与を支給したりすることは基本的にできません（特例で「事前確定届出給与」などがありますが、厳格な手続きが必要です）。
実務での注意点：税務調査や役員変更にも影響
医療法人での報酬設定は、税務調査で重点的にチェックされるポイントの一つです。理事会の議事録をはじめ、報酬決定の経緯をしっかり文書で残しておく必要があります。
また、役員の変更があった際には、新しい理事に対する報酬決定も理事会で正式に行い、登記や届出とあわせて整備する必要があります。こうした手続きを怠ると、将来的なトラブルや税務否認のリスクが高まります。
士業によるサポート内容：行政書士・税理士の連携が重要
医療法人の設立から報酬設定、定款作成、理事会運営まで、行政書士や税理士のサポートは不可欠です。行政書士は設立手続きや定款の整備、理事会の運営ルール作成などに対応し、税理士は適正な役員報酬の設定や損金算入の可否、節税対策までをカバーします。
特に「定期同額給与」や「事前確定届出給与」といった法人特有の制度については、税務の専門知識が不可欠です。設立時だけでなく、報酬改定や役員変更時にも継続的に相談できる体制を整えることが望ましいです。
まとめ：法人化後の報酬設計は専門家と慎重に進めよう
医療法人を設立すると、医師としての報酬は「法人の役員報酬」として、法的根拠に基づいて決定されます。毎月定額で支給し、変更には慎重な手続きが必要です。利益に応じて柔軟に変更できるわけではなく、税務上のルールをしっかり守る必要があります。
報酬設計を誤ると、税務上のリスクや法人の信用問題にもつながるため、設立時から税理士・行政書士などの専門家と連携し、適正な運営を心がけることが重要です。